Otok Sestrunj se nalazi u srednjem Jadranu i spada u manje otoke zadarskog arhipelaga. Okružen je sa otokom Ugljanom na istoku, otokom Ižom na jugo-istoku, Dugim Otokom na zapadu te otokom Rivnjom na sjevero-istoku. Od grada Zadra udaljen je svega 15 kilometara zračne linije, a udaljenost luke Zadar do luke Kablin je 12 milja, odnosno do luke Hrvatinj oko 11 milja. Kako je središnje položen, a također i visinom istaknut ,s njega se pruža izvanredan vidik na velik dio zadarskog otočja i primorja. Najsjeverniji dio otoka djeli prostor Sedmovraća (Maknare) od Virskog mora, istaknut Puntom Križa (Rt Križ). Najjužnija točka otoka je Punta Marovice, najzapadnija je Punta Bele Njive, a najistočnija je Punta Japleniškog.